Alpha, Delta dan Lambda? Mengenal setiap varian COVID-19 baru

Varian lambda covid-19

Virus bermutasi sepanjang waktu, termasuk coronavirus SARS-CoV-2 yang menyebabkan pandemi Covid-19. Meskipun sebagian besar perubahan genetik tidak berbahaya, beberapa dapat membuat mutan lebih mudah menginfeksi sel, misalnya, atau menghindari antibodi. Varian “lebih bugar” tersebut dapat mengungguli galur lain, sehingga menjadi sumber utama infeksi.

Sebuah suksesi varian yang lebih menular telah muncul selama setahun terakhir, masing-masing menyimpan konstelasi mutasi. Yang paling mengkhawatirkan sejauh ini adalah yang disebut varian delta.

Ini telah menyebar ke lebih dari 100 negara sejak pertama kali dilaporkan di India pada Oktober, menyebabkan lonjakan kasus dan rawat inap, terutama di tempat-tempat di mana kurang dari setengah populasi orang dewasa telah diimunisasi penuh.

1. Apa itu varian?

Selama replikasi, virus sering mengalami perubahan genetik yang dapat menciptakan apa yang disebut varian. Beberapa mutasi melemahkan virus; lain dapat menghasilkan keuntungan yang memungkinkan untuk berkembang biak.

Jika perubahan menghasilkan versi dengan karakteristik fisik yang sangat berbeda, varian tersebut dapat disebut sebagai strain. Varian yang menyimpang secara signifikan dari nenek moyang virusnya dapat diidentifikasi sebagai garis keturunan baru, atau cabang pada pohon evolusi.

Namun, dalam wacana umum, istilah-istilah tersebut sering digunakan secara bergantian.

2. Apa yang paling mengkhawatirkan?

Organisasi Kesehatan Dunia menggunakan "varian yang menjadi perhatian" untuk menandakan jenis yang menimbulkan risiko tambahan terhadap kesehatan masyarakat global, "varian yang menarik" bagi mereka yang memerlukan pemantauan ketat karena risiko yang muncul, dan "peringatan untuk pemantauan lebih lanjut" untuk varian yang memiliki karakteristik genetik yang mengindikasikan dapat menimbulkan risiko di masa depan.

Penilaian dapat berubah tergantung pada pandemi yang berkembang. Misalnya, tiga varian bunga -- epsilon, zeta, dan theta -- diklasifikasi ulang pada awal Juli sebagai peringatan.

Varian perhatian dan varian minat diberi huruf dari alfabet Yunani untuk identifikasi. Pada 7 Juli, WHO telah mengidentifikasi empat di setiap kategori:

WHO label	Variant of Concern	Nama Lain	Country of Discovery
alpha	B.1.1.7	GRY (formerly 501Y.V1)VOC 202012/01	Inggris
beta	B.1.351	501Y.V2	Afrika Selatan
gamma	P.1	501Y.V3B.1.1.28.1	Brazil/Jepang

Alfa

Varian ini muncul di Inggris pada September 2020 dan mendorong lonjakan musim dingin dalam kasus-kasus yang membuat Inggris kembali terkunci pada Januari.

Negara-negara lain, khususnya di Eropa, mengikuti Inggris dalam menerapkan kembali pembatasan pergerakan. Alpha sebelumnya merupakan strain dominan di AS, dan telah dilaporkan di setidaknya 173 negara, menurut WHO.

Ketegangan dapat menimbulkan ancaman yang lebih serius bagi wanita.

Pasien Covid perempuan lebih mungkin memerlukan perawatan intensif dan memiliki peluang kematian yang sedikit lebih tinggi akibat infeksi alfa daripada jika mereka terkena varian lain, menurut sebuah analisis. Tidak ada efek seperti itu ditemukan di antara laki-laki.

Beta

Yang satu ini, yang muncul di Afrika Selatan pada Agustus 2020, menyebabkan kebangkitan kasus Covid yang membanjiri Afrika selatan. Ini telah dilaporkan di setidaknya 122 negara.

Gamma

Varian ini, pertama kali terlihat di kota Amazon Manaus pada Desember 2020, telah berkontribusi pada lonjakan kasus yang membebani sistem kesehatan Brasil dan menyebabkan kekurangan oksigen. Ini telah dilaporkan di setidaknya 74 negara.

Delta

Varian yang menyebar cepat ini memicu gelombang dramatis kasus Covid di India yang membanjiri rumah sakit dan krematorium dan sejak itu ditemukan di 104 negara.

Diperkirakan 55% lebih mudah menular daripada alfa dan hampir dua kali lebih menular daripada jenis asli yang mulai menyebar di seluruh dunia pada awal 2020.

Dokter di India telah menghubungkan delta dengan rangkaian gejala Covid yang lebih luas, termasuk gangguan pendengaran, dan data awal dari Skotlandia menemukan pasien Covid yang terinfeksi delta 1,8 kali lebih mungkin dirawat di RS ketimbang mereka yang terinfeksi alfa.

Bukti lain menemukan delta memiliki kecenderungan untuk menghindari perawatan berbasis antibodi dan berpotensi meningkatkan risiko infeksi ulang pada orang yang telah pulih dari Covid yang disebabkan oleh jenis lain.

3. Bagaimana varian mempengaruhi vaksin?

Para ilmuwan menaruh perhatian besar pada mutasi pada gen yang mengkode protein lonjakan virus, yang memainkan peran kunci dalam masuknya ke dalam sel dan ditargetkan oleh vaksin.

Empat varian yang menjadi perhatian semuanya membawa banyak mutasi yang mempengaruhi protein lonjakan.

Itu menimbulkan pertanyaan tentang apakah orang yang telah mengembangkan antibodi terhadap strain "biasa" atau "tipe liar" - baik dari vaksin atau telah pulih dari Covid - akan dapat melawan varian baru.

Dalam kebanyakan kasus, varian yang menjadi perhatian memang mengarah pada pengurangan efektivitas vaksin dari berbagai tingkat, meskipun sebagian besar suntikan mempertahankan kemampuan mereka untuk melindungi terhadap penyakit parah, menurut WHO.

Peneliti Universitas Florida menemukan bahwa untuk vaksin Covid yang diluncurkan dalam skala global, galur alfa menyebabkan kemanjuran "agak berkurang" dibandingkan dengan galur liar, sementara varian beta dan gamma menyebabkan kemanjuran yang jauh lebih rendah, kata mereka dalam sebuah makalah yang dirilis pada bulan Mei sebelum peer-review, di mana penelitian diteliti oleh para ahli di bidang yang sama sebelum dipublikasikan.

Sedangkan untuk delta, data dari Public Health England menunjukkan bahwa vaksin kurang efektif dalam mencegah penyakit simtomatik dibandingkan dengan alfa, terutama setelah hanya satu dosis.

Vaccine effectiveness against symptomatic disease	Alpha	Delta
After 1 dose	49%	35%
After 2 doses	89%	79%

Penelitian lain menunjukkan bahwa meskipun ada penurunan antibodi, bagian lain dari sistem kekebalan dapat melawan virus corona: sel T dari orang yang telah pulih dari Covid atau menerima apa yang disebut vaksin mRNA dari Moderna Inc. atau dari Pfizer Inc. dan mitranya BioNTech SE masih dapat mengenali beberapa varian, meniadakan kemampuan virus untuk menyebabkan penyakit parah, kata para peneliti di La Jolla Institute for Immunology.

4. Apakah beberapa vaksin lebih baik?

Tidak ada uji klinis acak yang secara langsung membandingkan kemampuan vaksin yang berbeda untuk melindungi dari galur asli, apalagi variannya. Namun, data yang muncul menunjukkan akan ada perbedaan dalam kemanjuran.

Penelitian oleh Public Health England yang dirilis sebelum peer review dan berdasarkan catatan pasien menemukan dua dosis vaksin AstraZeneca Plc kurang efektif mencegah Covid dari delta dibandingkan dengan dosis ganda vaksin Pfizer-BioNtech.

Vaccine effectiveness	After 1 dose	After 2 doses
Pfizer-BioNTech	33%	88%
AstraZeneca	33%	60%

Kesehatan Masyarakat Inggris juga menemukan bahwa satu dosis suntikan Pfizer-BioNTech melakukan pekerjaan yang lebih baik dalam melindungi terhadap rawat inap dengan varian delta daripada vaksin AstraZeneca. Efektivitasnya serupa setelah dua dosis.

Protectionagainsthospitalization	After 1 dose	After 2 doses
Pfizer-BioNTech	94%	96%
AstraZeneca	71%	92%

Di tempat lain:

Penelitian menunjukkan kekebalan yang optimal terbentuk ketika dua dosis vaksin AstraZeneca diberikan tiga bulan terpisah -- jauh lebih lama dari tiga minggu yang direkomendasikan untuk Pfizer-BioNTech. Temuan ini sesuai dengan data dari Francis Crick Institute, yang diterbitkan di The Lancet, yang menggarisbawahi pentingnya dosis vaksin kedua untuk meningkatkan perlindungan terhadap delta dan menunjukkan bahwa lebih banyak imunisasi booster mungkin diperlukan, terutama untuk kelompok rentan seperti penerima transplantasi organ dan mereka yang berusia di atas 80 tahun.
Johnson & Johnson mengatakan bahwa vaksin tunggalnya menetralkan varian delta dan memberikan perlindungan yang tahan lama terhadap infeksi secara lebih luas.
Di Chili, di mana vaksin CoronaVac Sinovac Biotech Ltd. diberikan bersama dengan suntikan Pfizer-BioNTech, para peneliti menemukan perbedaan substansial dalam perlindungan terhadap gejala Covid pada saat alfa dan gamma adalah varian yang paling sering terdeteksi. Kedua inokulasi memberikan perlindungan tingkat tinggi terhadap penyakit parah dan kematian, menurut sebuah penelitian yang diterbitkan 7 Juli di New England Journal of Medicine.

	Covid-19	Hospitalization	ICU admission	Death
CoronaVac	65.9%	87.5%	90.3%	86.3%
Pfizer-BioNTech	92.6%	95.1%	96.2%	91.0%

5. Bisakah vaksin yang berbeda digunakan dalam kombinasi?

Iya. Itu sudah terjadi sampai batas tertentu, sebagian besar karena jeda dalam penggunaan vaksin AstraZeneca yang dipicu oleh kasus pembekuan darah langka yang terkait dengannya.

Otoritas vaksin Jerman telah merekomendasikan agar orang yang divaksinasi dengan suntikan AstraZeneca mendapatkan vaksin mRNA sebagai yang kedua.

Beberapa penelitian kecil, dengan hasil yang belum ditinjau oleh rekan sejawat, telah menyarankan bahwa pemberian dosis satu vaksin Covid diikuti dengan dosis kedua dari jenis suntikan Covid yang berbeda bisa lebih protektif daripada dua dosis dengan formulasi yang sama.

Studi tambahan tentang pencampuran vaksin sedang berlangsung. Uji coba semacam itu dapat berguna dalam mengoptimalkan penyebaran inokulasi yang tersedia, menurut WHO.

6. Apakah ada varian lain yang mengkhawatirkan?

Varian delta baru telah dilaporkan di beberapa negara termasuk India, Inggris dan Vietnam. Strain yang mencakup mutasi K417N - dijuluki delta-plus di India - telah memicu beberapa kekhawatiran, karena perubahan genetik itu juga dipendam oleh strain beta yang terkait dengan peningkatan risiko infeksi ulang.

Peneliti Inggris mengatakan pada akhir Juni bahwa belum ada bukti yang menunjukkan mutasi tambahan lebih mengkhawatirkan. WHO mencatat bahwa varian dapat secara independen memperoleh mutasi yang sama atau serupa yang menawarkan keunggulan kompetitif - sebuah fenomena yang dikenal sebagai "evolusi konvergen" yang telah berulang kali diamati selama pandemi.

Badan tersebut juga telah menyoroti risiko bahwa lebih banyak varian akan muncul mengingat tingginya tingkat penularan yang sedang berlangsung secara global.

WHO label	Variant of Interest	Alternative Name	Place of Discovery
eta	B.1.525		U.K., Nigeria
iota	B.1.526		U.S.
kappa	B.1.617.1	452R.V3	India
lambda	C.37	452Q.V1	Peru

7. Apa yang dilakukan pembuat obat?

Sarah Gilbert, seorang profesor vaksinologi di Universitas Oxford yang melakukan penelitian awal tentang vaksin AstraZeneca Plc, mengatakan kepada BBC bahwa “upaya sedang dilakukan untuk mengembangkan generasi baru vaksin yang akan memungkinkan perlindungan dialihkan ke varian yang muncul sebagai booster. jabs, jika ternyata perlu untuk melakukannya.” Beberapa perusahaan obat mengatakan mereka sedang mengerjakan suntikan booster atau kombinasi.

Perubahan seperti itu tidak pernah terdengar -- itu terjadi setiap tahun dengan vaksin melawan flu, yang berkembang dengan cepat. Tidak serupa flu, virus korona punya mekanisme koreksi diri genetik yang meminimalkan mutasi.

8. Apakah ada implikasi lain?

Iya. Ada implikasi untuk perawatan, diagnostik, dan penyebaran SARS-CoV-2 pada hewan.

PENGOBATAN: Para peneliti di Afrika Selatan menemukan risiko teoretis bahwa beberapa antibodi yang dikembangkan untuk mengobati Covid bisa tidak efektif terhadap varian beta.

Tetapi studi di Universitas Columbia mendukung tes oleh Regeneron Pharmaceuticals Inc. menunjukkan bahwa koktail antibodinya, yang diberikan otorisasi penggunaan darurat di AS dan diberikan kepada Presiden Donald Trump saat itu, efektif dalam menetralkan varian itu serta alfa.

Pembuat obat menggunakan kombinasi antibodi yang menargetkan fitur terpisah dari virus untuk mengurangi potensi yang disebut mutan pelarian virus muncul sebagai respons terhadap tekanan dari pengobatan antibodi tunggal.

DIAGNOSTIK: Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit AS mengatakan strain baru dapat merusak kinerja beberapa tes diagnostik yang menggunakan proses yang disebut reaksi berantai transkripsi balik (RT-PCR) untuk memperkuat materi genetik virus sehingga dapat dipelajari di rinci.

Sebuah studi Jerman pada tes antigen cepat - yang lebih cepat, lebih murah dan lebih mudah diakses tetapi kurang sensitif - menemukan kinerja yang sebanding dalam mendeteksi varian alpha, beta dan tipe liar.

ANIMAL HOSTS: Para peneliti di Institut Pasteur Prancis menunjukkan bahwa varian beta dan gamma mampu menginfeksi tikus laboratorium umum dan bereplikasi pada konsentrasi tinggi di paru-paru - suatu prestasi yang tidak dapat dilakukan oleh strain yang beredar sebelumnya.

Hal ini meningkatkan kemungkinan tikus atau hewan pengerat lain yang hidup dekat dengan manusia menjadi reservoir untuk SARS-CoV-2 di daerah di mana varian beredar, dengan strain berkembang dan berpotensi menular kembali ke manusia, kata para peneliti dalam makalah 18 Maret yang dirilis sebelum tinjauan sejawat.

Lihat tulisan aslinya di https://fortune.com/2021/07/08/alpha-delta-lambda-covid-variant/